Het bestuur van Regio Stedendriehoek bestaat uit een algemeen bestuur en een dagelijks bestuur. In het algemeen bestuur zitten acht leden (één lid per gemeente) die door hun colleges zijn aangewezen. Het algemeen bestuur bespreekt gezamenlijk de afspraken over de toekomst van de regio. Iedere gemeente heeft daarin een gelijke stem. Het dagelijks bestuur (aangewezen door het algemeen bestuur) bestaat uit drie leden: de voorzitter, de vicevoorzitter en een lid. Zij verzorgen de agenda voor het algemeen bestuur.
In verband met nieuwe collegevorming n.a.v. gemeenteraadsverkiezingen afgelopen maart 2026 volgt hier binnenkort de samenstelling van het nieuwe algemeen bestuur.
Ineke Lijnema (secretaris-directeur Regio Stedendriehoek) is secretaris van het algemeen bestuur en het dagelijks bestuur en wordt daarbij ondersteund door een bestuursadviseur.
